El General Argentino Roca siguió a Nicolás Avellaneda como Presidente. Creyó que era imperativo conquistar el territorio al sur del río Negro lo más pronto posible y ordenó la campaña de 1881 bajo el mando del coronel Conrado Villegas con 1.700 soldados en tres brigadas que comenzaron la campaña a principios de 1881 En un año, Villegas (ascendido a general) conquistó el territorio de la actual provincia del Neuquén, alcanzando el río Limay.
A fines de 1882 el general Villegas con cerca de 1.400 hombres inició una nueva campaña con tres brigadas, lográndose incorporar la actual provincia del Neuquén. Se continuó presionando a la resistencia de los aborígenes más al sur logrando la rendición de Namuncurá con 330 de sus guerreros.
El teniente coronel Lino Oris de Roa con 100 soldados llegó hasta el bajo río Chubut y el mayor Miguel Vidal atacó a Sayhueque e Inacayal para luchar la última batalla, el 18 de octubre de 1884 en la que Inacayal y Foyel fueron derrotados por el teniente Insay, la mayoría de los 3.000 indígenas se rindieron, mientras que Sayhueque lo hizo el 1 de enero de 1885 en la actual provincia del Chubut al nuevo gobernador de la Patagonia, el general Lorenzo Wintter.
Las consecuencias
El Informe Oficial de la Comisión Científica que acompañó al Ejército Argentino es considerablemente específico respecto de los resultados de la guerra:
El año 1879 tendrá en los anales de la República Argentina una importancia mucho más considerable que la que le han atribuído los contemporáneos. Ha visto realizarse un acontecimiento cuyas consecuencias sobre la historia nacional obligan más la gratitud de las generaciones venideras que la de la presente, y cuyo alcance, desconocido hoy, por transitorias cuestiones de personas y de partido, necesita, para revelarse en toda su magnitud, la imparcial perspectiva del porvenir. Ese acontecimiento es la supresión de los indios ladrones que ocupaban el Sur de nuestro territorio y asolaban sus distritos fronterizos: es la campaña llevada a cabo con acierto y energía, que ha dado por resultado la ocupación de la línea del Río Negro y del Neuquén.
Roca, al mando de un ejército moderno y bien pertrechado, sometió a la Patagonia venciendo la débil resistencia de los pueblos originarios de etnia mapuche, causando una gran cantidad de víctimas y desplazando a las poblaciones restantes a regiones periféricas. Se estima que la campaña fue causa directa de la muerte de más de mil indígenas (hombres, mujeres y niños).
Las tribus que sobrevivieron fueron desplazadas a las zonas más periféricas y estériles de la Patagonia. Unos 10.000 nativos fueron tomados prisioneros y unos 3.000 enviados a Buenos Aires, donde eran separados por sexo, a fin de evitar que procrearan hijos: las mujeres fueron dispersas por los diferentes barrios de la ciudad como sirvientas mientras una parte de los hombres fueron enviados a la isla Martín García, donde murieron, en su gran mayoría, a los pocos años de reclusión.
Esta campaña se realizó, además, ya que la Nación Argentina necesitaba garantizarse este territorio que era reclamado como propio también, por Chile. Millones de hectáreas se sumaron así a la República Argentina. Estas enormes extensiones fueron adjudicadas a bajo precio, o directamente regaladas, a terratenientes y políticos influyentes.
Se suele justificar esta operación militar argumentando que esos territorios iban a ser conquistados por Chile, ya que el área al sur del río Colorado estuvo parcialmente en disputa entre las dos naciones hasta la firma del Tratado Argentina-Chile de 1881.
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